Dom Pogranicza, nowa siedziba Ośrodka Pogranicze sztuk, kultur, narodów, powstał w zrekonstruowanym budynku, który ma swoją długą historię. W Sejnach nazywano go Starą Pocztą, jako że przez całe lata, od końca XIX wieku, mieścił się tutaj urząd pocztowy. Jednak początki tego budynku, sięgające połowy XIX wieku, wiążą się z sejneńską wspólnotą żydowską, która w ubiegłym stuleciu stworzyła tu silny ośrodek oświeceniowy. W owym czasie pisarz Tuwie Pinkas Szapiro założył tutaj hebrajskie gimnazjum, jedną z pierwszych szkół żydowskich o świeckim charakterze, gdzie obok religii uczono m.in. geografii, matematyki i przedmiotów humanistycznych.
W 1992 roku w Sejnach oddano do użytku nowy urząd pocztowy. Spadkobierca właścicieli Starej Poczty, pan Jan Polkowski, odstąpił budynek miastu za kwotę niższą od faktycznej jego wartości, oczekując w zamian, że zostanie odremontowany i przeznaczony na cele kulturalno-oświatowe. W roku 1997 sejneńscy radni przekazali Starą Pocztę nieodpłatnie Ośrodkowi Pogranicze. Inwestycję remontową według projektu architektonicznego Rafała Winiewicza i realizowaną przez zakład budowlany Krystyny i Bronisława Kotwiców, rozpoczęto jeszcze dzięki środkom wyasygnowanym przez wojewodę suwalskiego. Aż do ukończenia kontynuowano ją ze środków urzędu marszałkowskiego województwa podlaskiego. Pewnego wsparcia inwestycji udzielił także Urząd Generalnego Konserwatora Zabytków. Fundacja Współpracy Polsko-Niemieckiej przyznała dotację na wyposażenie Centrum Dokumentacji Kultur Pogranicza, sali projekcyjnej, studia filmowego i fotograficznego. Datę 23 stycznia 2002 roku w 11. rocznicę powstania Ośrodka Pogranicze wyznaczono na dzień uroczystego otwarcia Domu Pogranicza.